研究中，我们将多种单细胞和单核测定（>400，000个细胞核或细胞）和空间成像技术应用于健康参考肾脏（45名供体）和患病肾脏（48名患者）。这提供了51种主要细胞类型的高分辨率细胞图谱，其中包括罕见和以前未描述的细胞群。多组学方法提供了跨越整个肾脏的详细转录组谱、调节因子和空间定位。我们还定义了肾单位节段和间质的28种细胞状态，这些状态在肾损伤中发生了改变，包括循环，适应性（成功或适应不良修复），过渡和退行性状态。分子特征允许使用空间转录组学在损伤邻域内定位这些状态，而大规模3D成像分析（约120万个邻域）提供了与主动免疫反应的相应联系。这些分析定义了与损伤时程和生态位相关的生物学途径，包括预测与肾功能下降相关的适应不良状态的上皮修复特征。这种健康和患病人类肾脏的集成多模态空间细胞图谱代表了细胞状态、邻里、结果相关特征和公开可用的交互式可视化的综合基准。